日本において、チョコレートに関する記述は、18世紀の長崎の遊女がオランダ人から貰った物を記録したリストの中に「しよくらあと」として登場するのが最初。1873年の岩倉使節団がフランス訪問中にチョコレート工場を見学したという記録もあります。
日本のチョコレート製造は、カカオ豆からの一貫生産は、1918年、森永製菓によって開始された。
戦争の影響により、日本では1940年までにカカオの輸入は止まり、風味がカカオにやや類似し果糖の原料でもあった菊芋と百合根（ユリの鱗茎）の脂肪分、砂糖の代わりにグルコース(ブドウ糖)を原料にした代用チョコレート(通称：グルチョコレート)が考案された。
1945年、日本が太平洋戦争に敗れると、アメリカの進駐軍を通じて大量のチョコレートが日本にもたらされた。戦後の日本では、安価なものから高価なものまで、さまざまなチョコレート菓子が販売されるようになりました。特に1960年にカカオ豆の輸入が自由化され、続いて1971年にはチョコレート製品の輸入が自由化されたことで、様々な種類のチョコレートが流通するようになったのです。
1980年代から1990年代にかけては、トリュフなどの小粒な形状をした高級チョコレートが一般的に出回るようになり、2000年代に入るとさらに高級かつ洗練されたチョコレート菓子が流行しました。
2004年頃には東京都内にヨーロッパ各国の高級チョコレート店が多数出店し、中には1粒400円から1000円という超高級チョコレートを取り扱う店も現れています。
